La región en la que se sitúa la villa de Mourão encierra una gran diversidad espacio-temporal en relación a la presencia humana. Los conocimientos existentes actualmente acerca de las poblaciones que vivieron y pasaron en este espacio revelan que la zona, tanto la más cercana (orillas) como la más lejana (villa y distritos de Mourão) del río Guadiana, conoció una continua ocupación de grupos humanos desde la prehistoria hasta nuestros días, siendo el río y sus afluentes factores motivadores y determinantes para la existencia de restos de esa ocupación. El río atrajo a sus orillas actividades esenciales o complementarias al ciclo tradicional de subsistencia económica.
Desde el periodo prehistórico, esta zona ofrece diferentes y abundantes registros de presencia humana. Lugares como Barca, Quinta da Fidalga y Agualta, Mercador y Porto das carretas, entre otros, atestiguan esa presencia, visible en las industrias líticas, en los restos de cerámica, en las manifestaciones de arte rupestre y en los monumentos megalíticos, como el dolmen de la antigua fábrica de celulosa (Portucel)
La presencia más significativa de los romanos en el territorio de Mourão se manifestó en los alrededores de la antigua Aldeia da Luz. El Castillo da Lousa, construcción fortificada del periodo romano (siglo I a.C.), fue el elemento patrimonial de la herencia romana más visible en el municipio. Actualmente se encuentra sumergido, pudiendo ser visitado virtualmente a través de un Cd-rom realizado por EDIA, S.A., que registra su memoria.
Entre esta época y la medieval la caracterización humana de Mourão es incierta. Con sus orígenes históricos perdidos en el tiempo y envueltos en la tradición, la primera villa de Mourão estaría situada, probablemente, en la llamada Vilha Velha. Ésta fue objeto de excavaciones arqueológicas, antes de sumergirse en las aguas del Guadiana, observándose la existencia de una necrópolis asociada a una iglesia, así como la identificación de una zona de viviendas de grandes dimensiones.
En la época medieval no hay referencias a Mourão, pero su titularidad se presenta como un elemento que se integra en la indefinición de fronteras entre los varios reinos resultantes de la reconquista cristiana, bien perteneciendo a los reyes de Castilla, bien bajo el dominio del reino de Portugal.
El prior de la orden del Hospital, D. Gonçalo Egas, concedió a Mourão su primer foral en 1226, y D. Dinis lo confirmó el 27 de enero de 1296. Este rey reconoció, en el encuentro de Salamanca (1298), D. Teresa Gil como señora de localidad, pasando Mourão a la corona portuguesa tras su muerte.
Tras las exequias de D. Teresa Gil, el rey portugués concedió a un hidalgo español , D. Raimundo de Cardona, el privilegio de poder comprar Mourão, hecho que se consumó en 1313, contrayendo para ese efecto un préstamo elevado con un judío. Dada la imposibilidad de cumplir honradamente con los compromisos asumidos, la plaza de Mourão fue de nuevo sujeta a subasta el 19 de abril de 1317, en el anexo de la Iglesia de Nossa Senhora do Tojal, siendo esta vez adquirida por un mercader de Monsaraz, de nombre Martim Silvestre, por 11.000 libras. Sin embargo, dadas las incompatibilidades sociales entre el mercader y el rey, éste exigirá su devolución por el mismo precio de la adquisición, formando una nueva concesión a D. Raimundo y a su hijo Guilherme de Cardona.
En la crisis de 1383-85, la plaza de Mourão se sumó a la causa del Mestre de Avis, como se indica en la crónica de Fernão Lopes, habiendo sido objeto de devastadoras incursiones castellanas.
En lo que se refiere a la alcaidería de Mourão, fue atribuida por el futuro rey D. João II a Diogo de Mendonça, estando en esta familia hasta el reinado de D. Afonso VI. Cuando se instauró la monarquía dualista (1580), Mourão, a través de su alcaide mayor Francisco de Mendonça, se sumó a la causa española. Tras 60 años, la villa pasó, en la persona de Pedro de Mendonça Furtado, al aldo de los conspiradores. El heredero de la alcaidería de Mourão, amigo íntimo del Duque de Bragança, sintió la necesidad de dignificar la imagen de su familia, siendo los primeros conjurados en tomar parte en los acontecimientos que condujeron al 1º de diciembre, en 1640.
Tras la Restauración, en el contexto de las guerras de la independencia, Mourão sufrió el impacto de las frecuentes escaramuzas fronterizas, siendo su plaza asolada por el ejército enemigo en diversas ocasiones. Debe destacarse el cerco de la misma por el ejército del Duque de S. German, durante el cual, bajo el mando del Capitán João Ferreira da Cunha, la plaza consiguió resistir sólo durante seis días, revelando de ese modo la fragilidad de las murallas del castillo. Dado que la reconquista de Mourão se convirtió en una prioridad fronteriza, la reina regente, D. Luísa de Gusmão, se empeñó profundamente en la toma de la villa a los españoles, que ocurrió el 29 de octubre de 1657. En esa reconquista tuvo un papel determinante Joane Mendes de Vasconcelos.
En el siglo XVIII, Mourão sufrió los efectos del terremoto de 1755, que, junto con los trabajos de reparación, ampliación y consolidación de la estructura defensiva del castillo, iniciados en el siglo XVII, y el estado de destrucción dejado por los enemigos, condujeron a rediseñar el trazo urbanístico de la villa.
En el siglo XIX, la nueva reforma administrativa llevó a la creación de nuevos límites en el municipio, lo que en el caso de Mourão contribuyó a que se extinguiese y anexado al municipio de Reguengos de Monsaraz, por el decreto de 24 de octubre de 1853. En 1861, el municipio de Mourão fue reestablecido de nuevo.
Actualmente, Mourão se encuentra rodeado por el agua de Alqueva, perfilándose este nuevo recurso natural como uno de los motores del desarrollo económico sostenido de esta localidad del municipio.